بعد از ايل ارسلان، منازعاتي كه بين پسرانش سلطانشاه و علاءالدين تكش براي دستيابي به فرمانروايي ولايات بروز كرد، بارها موجب رويارويي نيروهاي اين دو برادر شد، تا اين كه عاقبت با استيلاي تكش اين درگيريها به پايان رسيد.
در زمان تكش تمامي خراسان، ري و عراق عجم، يعني آخرين ميراث سلجوقي به دست خوارزمشاهيان افتاد. غلبه تكش بر تمام ميراث سلجوقي، نارضايتي خليفه بغداد را به دنبال خود داشت كه اثر اين ناخرسندي و عواقب آن، بعدها دامنگير محمد بن تكش شد. با درگذشت علاءالدين تكش «رمضان ۵۹۶ ق / ژوئن ۱۲۰۰ م»، پسرش محمد خود را علاءالدين محمد خواند و به اين ترتيب سلطان محمد خوارزمشاه شد.
در طي همان ايامي كه محمد خوارزمشاه قدرت خود را در نواحي شرقي مرزهاي ماوراءالنهر گسترش مي‌داد و خليفه بغداد - الناصر الدين بالله - براي مقابله با توسعه قدرت او در جبال و عراق سرگرم توطئه بود؛ در آن سوي مرزهاي شرقي قلمرو خوارزمشاهيان، قدرت نو خاسته‌اي در حال طلوع بود . مغولان كه در آن ايام با ايجاد اتحاديه‌اي از طوايف بدوي يا بدوي گونه، خود را براي حركت به سوي ماوراءالنهر آماده مي‌ساختند، اهميت و قدرتشان در معادلات و مجادلات سياسي سلطان خوارزمشاه و خليفه بغداد، نه تنها جايگاهي پيدا نكرد بلكه به حساب هم آورده نشد. در نتيجه فاجعه عظيمي كه تدارك ديده مي‌شد، از ديد دو قدرت و نيروي مهم آن پوشيده ماند به طوري كه هنگامي كه دهان باز كرد، نه از سلطنت پر آوازه خوارزم چيزي باقي گذاشت و نه از دستگاه خلافت. آنچه باقي ماند، ويراني، تباهي، كشتارهاي دسته جمعي، روحيه تباه شد. و در يك كلام، ويراني يك تمدن بود. هنگامي كه چنگيز خان به تختگاه خويش باز مي‌گشت، بخش عمده ايران به كلي ويران شده و بسياري از آثار تمدني آن نابود شده بود. دستاوردهاي دولت خوارزمشاهي كه با سعي و كوشش بنيانگذاران آن كه مي‌توانست آينده بهتري را براي ايران زمين و تمدن اسلامي رقم زند، در نكبت استبداد مطلقه، ماجراجوييهاي شاهانه و تنگ نظريهاي مذهبي و سياسي، رنگ باخت و تباهي را نصيب مجريان، كارگزاران، كار گردانان و از همه مهم‌تر مردم محروم نمود.
بيست سال «۵۹۶ - ۶۱۶ ق / ۱۲۰۰ - ۱۲۱۹ م» فرمانروايي علاءالدين محمد به طول انجاميد. علاءالدين محمد كه ميراث دشمني با خليفه را از پدر داشت، از همان آغاز امارت، خود را از تأييد و حمايت فقيهان و ائمه ولايت محروم ديد به همين دليل ناچار شد تا بر اميران قبچاق خويش، يعني تركان قنقلي كه خويشان مادريش بودند، تكيه كند و با ميدان دادن به اين دسته از سپاهيان متجاوز، بي رحم و عاري از انضباط كه در نزد اهل خوارزم بيگانه هم تلقي مي‌شدند، به تدريج حكومت خوارزمشاه را در همه جا مورد نفرت عام ساخت.
زندگينامه حضرت
نام شريف آن بزرگوار فاطمه و مشهورترين لقب آن حضرت، در پى اصرار و تهديد مأمون عباسى سفر تبعيد گونه حضرت رضا (ع) به مرو انجام شد و آن حضرت بدون اين كه كسى از بستگان و اهل بيت خود را همراه ببرند راهى خراسان شدند. يك سال بعد از هجرت برادر، حضرت معصومه (س) به شوق ديدار برادر و اداي رسالت زينبي و پيام ولايت به همراه عده اى از برادران و برادرزادگان به طرف خراسان حركت كرد و در هر شهر و محلى مورد استقبال مردم واقع مى شد. اين جا بود كه آن حضرت نيز همچون عمه بزرگوارشان حضرت زينب(س) پيام مظلوميت و غربت برادر گراميشان را به مردم مؤمن و مسلمان مى رساندند و مخالفت خود و اهلبيت (ع) را با حكومت حيله گر بنى عباس اظهار مى كرد. بدين جهت تا كاروان حضرت به شهر ساوه رسيد عده اى از مخالفان اهلبيت كه از پشتيبانى مأموران حكومت برخوردار بودند، سر راه را گرفتند و با همراهان حضرت وارد جنگ شدند. در نتيجه تقريباً همه مردان كاروان به شهادت رسيدند، حتى بنابر نقلى حضرت معصومه(س) را نيز مسموم كردند.
به هر حال، يا بر اثر اندوه و غم زياد از اين ماتم و يا بر اثر مسموميت از زهر جفا، حضرت فاطمه معصومه (س)بيمار شدند و چون ديگر امكان ادامه راه به طرف خراسان نبود قصد شهر قم را نمود. پرسيد: از اين شهر «ساوه» تا «قم» چند فرسنگ است؟ آن چه بود جواب دادند، فرمود: مرا به شهر قم ببريد، زيرا از پدرم شنيدم كه مى فرمود: شهر قم مركز شيعيان ما است. بزرگان شهر قم وقتى از اين خبر مسرت بخش مطلع شدند به استقبال آن حضرت شتافتند و در حالى كه «موسى بن خزرج» بزرگ خاندان «اشعرى» زمام ناقه آن حضرت را به دوش مى كشيد و عده فراوانى از مردم پياده و سواره گرداگرد كجاوه حضرت در حركت بودند، حدوداً در روز ٢٣ ربيع الاول سال ٢٠١ هجرى قمرى حضرت وارد شهر مقدس قم شدند. سپس در محلى كه امروز «ميدان مير» ناميده مى شود شتر آن حضرت در جلو در منزل «موسى بن خزرج» زانو زد و افتخار ميزبانى حضرت نصيب او شد. آن بزرگوار به مدت ١٧ روز در اين شهر زندگى كرد و در اين مدت مشغول عبادت و راز و نياز با پروردگار متعال بود. محل عبادت آن حضرت در مدرسه ستيه به نام «بيت النور» هم اكنون محل زيارت ارادتمندان آن حضرت است.
سرانجام در روز دهم ربيع الثانى و «بنا بر قولى دوازدهم ربع الثانى» سال ٢٠١ هجرى پيش از آن كه ديدگان مباركش به ديدار برادر روشن شود، در ديار غربت و با اندوه فراوان ديده از جهان فروبست و شيعيان را در ماتم خود به سوگ نشاند .مردم قم با تجليل فراوان پيكر پاكش را به سوى محل فعلى كه در آن روز بيرون شهر و به نام «باغ بابلان» معروف بود تشييع نمودند. همين كه قبر مهيا شد دراين كه چه كسى بدن مطهر آن حضرت را داخل قبر قرار دهد دچار مشكل شدند، كه ناگاه دو تن سواره كه نقاب به صورت داشتند از جانب قبله پيدا شدند و به سرعت نزديك آمدند و پس از خواندن نماز يكى از آن دو وارد قبر شد و ديگرى جسد پاك و مطهر آن حضرت را برداشت و به دست او داد تا در دل خاك نهان سازد. آن دو نفر پس از پايان مراسم بدون آن كه با كسى سخن بگويند بر اسب هاى خود سوار و از محل دور شدند.
به نظر مى رسد كه آن دو بزرگوار، دو حجت پروردگار حضرت رضا (ع) و امام جواد (ع) باشند كه پيكر معصومه بايد به دست معصوم تجهيز و تدفين شود. چنان كه پيكر مقدس حضرت زهرا (س) را اميرمؤمنان (ع) غسل داده و كفن و دفن نموده و حضرت مريم (س) را حضرت عيسى (ع) شخصاً غسل داده است.
پس از دفن حضرت معصومه (س) موسى بن خزرج سايبانى از بوريا بر فراز قبر شريفش قرار داد تا اين كه حضرت زينب فرزند امام جواد(ع) به سال ٢٥٦ هجرى قمرى اولين گنبد را بر فراز قبر شريف عمه بزرگوارش بنا كرد و بدين سان تربت پاك آن بانوى بزرگوار اسلام قبله گاه قلوب ارادتمندان به اهلبيت (ع) و دارالشفاي دلسوختگان عاشق ولايت و امامت شد.