به دنبال کودتای ۱۹۵۳ و سقوط دولت ملی و دموکراتیک به نخست وزیری دکتر مصدق، سیاست سرکوب و قتل توسط رژیم محمد رضا شاه پهلوی علیه آزادیخواهان ایرانی به اجرا درآمد.

با هدف قرار دادن مهم‌ترین سازمانهای سیاسی آن زمان یعنی حزب تودهٔ ایران و جبههٔ ملی ایران که پایگاه اصلی فعالیت‌های آزادی خواهانهٔ مردم ایران بودند، سیاست سرکوب موفق گردید که اپوزیسیون سازمان یافته ایران را درهم بشکند. لیکن در اوایل دههٔ ۶۰ میلادی زمزمه‌های مخالفت با رژیم دیکتاتوری شاه از نو شنیده شده و محافل روشنفکری تبدیل به مراکز فعالیت سیاسی گردید.

دانش‌آموزان و دانشجویان ایرانی نسبت به جنبش‌های آزادی خواهانه و انقلابی که طی دهه‌های ۱۹۵۰ و ۱۹۶۰ در کشورهای مختلف به ویژه در کوبا و ویتنام جریان داشت گرایش زیادی پیدا کرده بودند. استقلال، دموکراسی، سوسیالیسم و پیشرفت اجتماعی آماج‌های اصلی مبارزهٔ روشنفکران ایران بود. از آنجا که برای رهبری جنبش سازمان‌های قوی و با تجربه عملا وجود نداشت، بحث محافل روشنفکری روی چگونگی پرکردن این خلاء متمرکز بود.

از تأسیس تا انقلاب ۱۹۷۹

نخستین اجلاس جنبش فداییان خلق در سال ۱۹۶۳ توسط بیژن جزنی و یارانش برگزار شد. آن‌ها به این نتیجه رسیده بودند که نفوذ قدرتمند آمریکا در ایران و سرکوب آزادی خواهان مخالف دولت، فعالیت‌های سیاسی مسالمت‌آمیز را به کلی غیرممکن ساخته‌است.

در این ارتباط بود که مبارزهٔ مسلحانه تنها راه موثر برای دستیابی به آزادی شناخته شد. تلاش‌های جمع روشنفکران ایرانی، با حمله به یک پست ژاندارمری در جنگل‌های شمال ایران، ۸ فوریه ۱۹۷۱ ثمر داد و تأسیس سازمان چریک‌های فدایی خلق ایران اعلام شد.

در دورهٔ ۸ سالهٔ از ۱۹۷۱ تا ۱۹۷۹ فداییان توسط رژیم دیکتاتوری حاکم زیر شدیدترین حملات قرار داشتند. بیش از هر سازمان مخالف دیگری، یعنی نزدیک ۳۰۰ فدایی خلق توسط رژیم شاه به قتل رسیدند. در این سال‌ها طی چهار دوره ضربه، اکثریت رهبران سازمان دستگیر و یا کشته شدند. اما سازمان پابرجا ماند. بزرگ‌ترین ضربه زمانی بود که بیژن جزنی و ۶ نفر دیگر از موسسان سازمان به صورت مخفیانه در زندان ترور شدند. این واقعه در ۱۹ آوریل ۱۹۷۵ در زمانی رخ داد که ۸ سال از دستگیری و محکومیت آنها در زندانهای رژیم گذشته و محاکمهٔ دومی هم انجام نشده بود.

فداییان در جریان انقلاب ۱۹۷۹ که عمدتاً توسط پیروان آیت الله خمینی رهبری گردید، نقش موثر و فعالی را ایفا کردند. در این هنگام، بسیاری از نیروهایی که مخالف یک دولت مذهبی بودند از فداییان پشتیبانی کردند.

به دنبال پیروزی انقلاب، دفاتر فعالیت علنی سازمان در اغلب شهرهای ایران تأسیس شد. این دفاتر بعدها تبدیل به مرکز تجمع جوانان غیرمذهبی و عدالتخواه گردید. در نخستین انتخابات بعد از انقلاب فداییان ۱۰ درصد از آرا را به خود اختصاص دادند و بقیهٔ آرا به نفع نیروهای مذهبی به صندوق‌ها ریخته شد. در این بین بحث‌های درون سازمانی میان فداییان در مورد انقلاب به جریان افتاد. در صدر این مسائل، نحوهٔ مبارزه و چگونگی برخورد با حاکمیت، مهم‌ترین موضوع مورد بحث بود. اکثریت بزرگی ازاعضا دیگر اعتقادی به مبارزهٔ مسلحانه نداشتند، آنها خواستار اتخاذ خط مشی همراهی با توده‌های مردم بودند. توده‌هایی که پیرو رهبران مذهبی جامعه بودند. این اختلافات به انشعاب اقلیتی که در برگیرنده ۱۰ درصد از اعضای فعال سازمان بود منتهی گردید. سرانجام در روز اول ماه مه ۱۹۸۱ اجتماع عظیم یکصد هزار نفری فداییان در میدان آزادی تهران برگزار گردید. در این روز رهبری سازمان خط مشی‌های جدید سازمان را اعلام کرد. از جمله اعلام شد که سازمان فداییان دیگر یک جنبش چریکی نیست و یک سازمان سیاسی متعلق به طبقهٔ کارگر ایران است. از این روز سازمان، رسماً سازمان فداییان خلق ایران (اکثریت) نامیده شد.

تا اوایل دهه ۱۹۸۰ که هنوز دولت اسلامی به طور کامل بر اوضاع مسلط نشده بود، سازمان فعالیت‌های نیمه علنی خود را ادامه داد. ارگان رسمی سازمان «نشریهٔ کار» با تیراژی بین صد تا سیصد هزار در هر هفته منتشر می‌شد. طی چهار سال تلاش برای ساختن ستون فقرات سازمان تعداد اعضا تشکیلات به ۲۰۰۰۰ نفر افزایش یافت. در میان این اعضا یک سوم زن، یک پنجم کارگر و سه پنجم دانشجو و دانش‌آموز بودند. سن متوسط در میان اعضا سازمان کمتر از ۲۴ سال و در میان کادر رهبری ۳۲ سال بود. سازماندهی بخش قابل توجهی از جوانان مترقی غیرمذهبی و تأسیس یک سازمان سیاسی سکولار و با نفوذ، در جامعه‌ای شدیداً مذهبی برجسته‌ترین اقدام سازمان فداییان خلق بود.

سالهای سرکوب

علیرغم سیاست‌های سازمان فداییان خلق ایران (اکثریت) مبنی بر احتراز از قرار گرفتن در حالت تقابل مستقیم با حکومت، آشکار بود که بنیادگرایان حاکم نمی‌توانستند فعالیت‌ها و موجودیت فداییان را تحمل کنند.

با این که در سالهای ۱۹۸۲ - ۱۹۸۰ که سازمان فداییان خلق ایران (اکثریت)از سیاستهای حکومت در زمینه‌های مختلف از قبیل اختلافات با عراق، مواضع ضد آمریکایی و جنبه‌های خاصی از اصلاحات اقتصادی، عمدتاً پشتیبانی می‌کرد، قانوناً اجازه فعالیت نداشت. حتا در همان سالها احکام اعدام برای فداییان صادر شده و صدها فدایی در زندان به سر می‌بردند.

تعقیب و سرکوب همه جانبهٔ سازمان فداییان خلق ایران (اکثریت) در بهار ۱۹۸۳ زمانی آغاز شد که دولت اسلامی ساختارهای سیستم جمع‌آوری اطلاعات و شبکه‌های پلیسی خود را کامل نمود. دولت اسلامی در نابود کردن بخش مهمی از رهبری سازمان ناکام ماند و رهبری به خارج از کشور منتقل گردید.

در سال ۱۹۸۸ خمینی قبل از مرگش دستور قتل عام زندانیان سیاسی ایران را صادر کرد. هزاران نفر از جمله بیش از صد فدائی را در زندانها بدون محاکمه سربه نیست کردند. از این جنایت هولناک به نام فاجعه ملی یاد میکنند.

در دورهٔ حکومت جمهوری اسلامی چندین هزار فدایی به زندان افکنده شدند، صدها نفر از جمله ۸ عضو رهبری اعدام شده و هزاران نفر به خروج و فرار از کشور مجبور شده‌اند.

سالهای بحران

در نیمهٔ دوم دههٔ ۱۹۸۰ میلادی، نتایج تلخ انقلاب ایران و سرنوشت سوسیالیسم در اتحاد شوروی به بحران ایدئولوژیک و سیاسی و تشکیلاتی منجر شد.

محور اصلی بحث‌های دوران بحران را، ارزیابی‌های غلط از جمهوری اسلامی، «سوسیالیسم موجود» و ساختار غیردموکراتیک درون سازمانی تشکیل می‌داد.

این بحران تأثیر فلج کننده‌ای روی بسیاری از بخش‌های سازمان داشت. بحث‌های درونی در سرتاسر سازمان منتشر گردید. در تابستان ۱۹۸۸ میلادی حقوق اعضا برای ابراز آزاد نقطه نظرات شخصی و مستقل برقرار گردید و این تحول که نخستین گام در تجدید ساختار سازمان بود، راه را برای تدارک نخستین کنگره هموار کرد.

سالهای دههٔ ۱۹۹۰

در اوت ۱۹۹۰ نخستین کنگرهٔ سازمان در خارج از کشور برگزار گردید. کنگره توجه خود را به بررسی مجدد برنامهٔ سازمان، سیاست گذشته، وضعیت سیاسی و روابط داخلی معطوف نمود. به علاوه کنگره مواضع رهبری را به یک گروه جدید سپرد و فراخوان برای برگزاری کنگرهٔ دوم در سال بعد را اعلام نمود. نحوهٔ سازماندهی کنگره و دست آوردهای آن، وحدت ارادهٔ سازمان فداییان خلق ایران (اکثریت) را احیا کرد و اعتماد متقابل و همبستگی میان فعالان و درون سازمان را تحکیم بخشید.

سالهای دههٔ ۱۹۹۰ تغییرات عمده‌ای را در جنبش فداییان به همراه داشت. به دنبال تحلیل تاریخچهٔ گذشتهٔ سازمان، دموکراسی به عنوان هدف فوری و اساسی سازمان اعلام گردید. تلاش‌های قبلی در جهت وحدت ایدئولوژیک در سازمان به کنار گذاشته شد و به جای آن تفاوتهای ایدئولوژیک و اندیشه مستقل به طور رسمی پذیرفته و مورد پشتیبانی قرار گرفت. کنگرهٔ نخست، سوسیالیسم را به عنوان هدف نهایی خود اعلام کرد. کنگرهٔ دوم تصمیم گرفت که هر دو سال یک بار کنگرهٔ سازمانی فراخوانده شود. از آن زمان تصمیم فوق به طور کامل به اجرا درآمده‌است.

در سال ۱۹۹۵ چهارمین کنگرهٔ سازمان برگزار گردید به خاطر هم‌زمانی این گردهمایی با بیست و پنجمین سالگرد ترور بنیانگزار سازمان بیژن جزنی، این کنگره بنام او نام گذاری شد. در تاریخ سازمان دههٔ ۱۹۹۰ تنها به عنوان دههٔ پذیرش و انتشار اصول دموکراتیک میان تشکیلات شناخته نخواهد شد، بلکه به عنوان دورهٔ همکاری و روابط بهتر میان سازمان و جنبش‌های لیبرال، اصلاح طلب و دموکراتیک ایران ثبت خواهد شد.

کنگره نهم سازمان فداییان خلق ایران (اکثریت)، از نهم تا دوازدهم شهریور ماه ۱۳۸۴ برگزار شد. این کنگره به مناسبت هم‌زمانی با هفدهمین سالگرد کشتار جمعی زندانیان سیاسی در زندانهای جمهوری اسلامی و به یاد عزیزانی که در گلزار خاوران خفته‌اند، «با خاوران» نامیده شد.

آخرین کنگره سازمان فداییان خلق ایران (اکثریت)، کنگره دهم، از نوزدهم تا بیست و دوم بهمن ماه ۱۳۸5 برگزار شد. این کنگره به مناسبت هم‌زمانی با سالگرد بنیانگذاری سازمان و انقلاب، کنگره «بهمن» نامیده شد.