1ـ با توجه به این که قرآن کریم، به لغت عربى بوده و به زبان عرف عقلا است در آن از کنایه، تمثیل و تشبیه، براى بیان حقایق متعالى در برخى آیات استفاده شده است. مانند: «حتّى اذا بلغ مغرب الشمس وجدها تغرب فى عین حَمِئَة.» (کهف: 86); تا آن گاه به غروبگاه خورشید رسید، به نظرش آمد که [خورشید ]در چشمه گل آلود، غروب مى کند. در این آیه شریفه، براى نشان دادن مشرق و مغربى که ذوالقرنین پیموده بود، تشبیه به کار رفته و اشاره به مغرب دارد و از تعبیر «وجدها» استفاده مى شود، مراد این است که ذوالقرنین خورشید را دید، گویى در چاه تاریک پنهان مى شود، همانند دریانوردى که خورشید را مى بیند که گویى در دریا فرود مى رود.
2ـ وجود مطالبى در قرآن که ممکن است مورد تأیید علوم تجربى نباشد، دلیل بر حقیقت نداشتن آن ها نیست; زیرا بسیارى از امور هستند که از حیطه علوم تجربى خارج اند و علوم تجربى حق اظهار نظر در مورد آن ها را ندارد. مگر علوم امروز، از راه تجربه، به معجزه هاى پیامبران، وجود فرشتگان و ده ها موضوع دیگر که در متون دینى آمده، رسیده است؟ گرچه حقیقت جنّ براى ما روشن نیست، ولى نباید منکر وجود آن شد، چون قرآن کریم نه تنها به وجود بلکه به مواد آفرینش آن نیز تصریح دارد: «و الجانّ خلقناه من قبل من نار السموم» (حجر: 27); و پیش از آن، جن را از آتش خلق کردیم.
3ـ موارد متعددى از اعتقادات غلط جاهلى، در قرآن کریم مورد انتقاد قرار گرفته است. مانند: «افحکم الجاهلیة یبغون و مَن اَحْسنُ من اللهِ حُکماً لقوم یُوقِنوُن؟» (مائده: 50); آیا خواستار حکم جاهلیّت اند براى مردمى که یقین دارند، داورى چه کسى از خدا بهتر است؟ «ما جعل ازواجکم اللائى تظاهرون منهن امهاتکم.» (احزاب: 4); آن همسرانتان را که مورد «ظهار» قرار مى دهید، مادران شما نگردانیده است.
از این آیات و آیات دیگرى که به نحوى اعتقادات و رفتار نادرست مردمان صدر اسلام را مورد انتقاد قرار داده است، استفاده مى شود که قرآن کریم هیچ امر باطلى را بیان نکرده است، مگر این که به بطلان آن اشاره مى کند و یا واضح البطلان مى باشد. بنابراین، همه آنچه در قرآن کریم آمده حق و جزو دین مى باشد.