مسلمانان با اجازه پیامبر مکرم ( ص ( به مدینه رفتند و در مکه جز پیامبر و على (ع ) و چند تن که یا بیمار بودند و یا در زندان مشرکان بودند کسى باقى نماند.
وقتى بت پرستان از هجرت پیامبر (ص ) با خبر شدند، در پى نشست ها و مشورتها قرار گذاشتند چهل نفر از قبیله را تعیین کنند، تا شب هجرت به خانه پیامبر بریزند و آن حضرت را به قتل رسانند، تا خون وى در بین تمام قبایل پخش گردد و بنى هاشم نتوانند انتقام بگیرند، و در نتیجه خون آن حضرت پایمال شود.
امّا فرشته وحى رسول مکرم (ص ) را از نقشه شوم آنها با خبر کرد.
آن شب که آدمکشان قریش مى خواستند این خیال شوم و نقشه پلید را عملى کنند، على بن ابیطالب (ع ) بجاى پیغمبر خوابید، و آن حضرت مخفیانه از خانه بیرون رفت . ابتدا به غار ثور (در جنوب مکه ) پناه برد و از آنجا به همراه ابوبکر به سوى یثرب یا مدینه النبى که بعدها به مدینه شهرت یافت ، هجرت فرمود
رسول اکرم (ص ) و همراهان روز دوشنبه 12 ماه ربیع الاول به قبا در دو فرسخى مدینه رسیدند. پیامبر (ص ) تا آخر هفته در آنجا توقف فرمود تا على (ع ) و همراهان برسند. مسجد قبا در این محل یادگار آن روز بزرگ است .
على (ع ) پس از هجرت محمّد (ص ) ماءمور بود امانتهاى مردم را به آنها برگرداند، و زنان هاشمى از آن جمله : فاطمه دختر پیامبر (ص ) و مادر خود فاطمه دختر اسد و مسلمانانى که تا آن روز موفق به هجرت نشده بودند همراه ببرد. على (ع ) با همراهان به راه افتاد. راهى پر خطر و سخت .
على (ع ) با پاهاى خون آلود و ورم کرده پس از سه روز به پیامبر اکرم (ص ) پیوست و مورد لطف خاص نبى اکرم (ص ) قرار گرفت . مردم مدینه با غریو و هلهله شادى - پس از سه سال انتظار - از پیامبر خود استقبال کردند.
به محض ابلاغ عمومى رسالت ، وضع بسیارى از مردم با محمّد (ص ) تغییر کرد. همان کسانى که به ظاهر او را دوست مى داشتند، بناى اذیت و آزارش را گذاشتند.
آنها که در قبول دعوت او پیشرو بودند، از کسانى بودند که او را بیشتر از هر کسى مى شناختند و به راستى کردار و گفتارش ایمان داشتند. غیر از خدیجه و على و زید پسر حارثه - که غلام آزاد شده حضرت محمّد )ص ) بود، جعفر فرزند ابوطالب و ابوذر غفارى و عمرو بن عبسه و خالد بن سعید و ابوبکر و... از پیشگامان در ایمان بودند، و اینها هم در آگاه کردن جوانان مکه و تبلیغ آنها به اسلام از کوشش دریغ نمى کردند. نخستین مسلمانان : بلال - یاسر و زنش سمیه ، خباب - ارقم - طلحه - زبیر - عثمان - سعد و... روی همرفته در سه سال اول عده پیروان محمّد (ص ) به بیست نفر رسیدند.
پیامبر (ص ) دعوت به اسلام را از خانه اش آغاز کرد. ابتدا همسرش خدیجه و پسر عمویش على به او ایمان آوردند. سپس کسان دیگر نیز به محمّد (ص ) و دین اسلام گرویدند. دعوتهاى نخست بسیار مخفیانه بود. محمّد (ص ) و چند نفر از یاران خود، دور از چشم مردم ، در گوشه و کنار نماز مى خواندند. روزى سعد بن ابى وقاص با تنى چند از مسلمانان در درّه اى خارج از مکه نماز مى خواند. عده اى از بت پرستان آنها را دیدند که در برابر خالق بزرگ خود خضوع مى کنند. آنان را مسخره کردند و قصد آزار آنها را داشتند. امّا مسلمانان در صدد دفاع بر آمدند.
پس از سه سال که مسلمانان در کنار پیامبر بزرگوار خود به عبادت و دعوت مى پرداختند و کار خود را از دیگران پنهان مى داشتند، فرمان الهى فرود آمد فاصدع بما تؤ مرآنچه را که بدان ماءمورى آشکار کن و از مشرکان روى بگردان
بدین جهت ، پیامبر (ص ) ماءمور شد که دعوت خویش را آشکار نماید، براى این مقصود قرار شد از خویشان و نزدیکان خود آغاز نماید و این نیز دستور الهى بود: و انذر عشیرتک الا قربین نزدیکانت را بیم ده . وقتى این دستور آمد، پیامبر (ص ) به على که سنش از 15 سال تجاوز نمى کرد دستور داد تا غذایى فراهم کند و خاندان عبدالمطلب را دعوت نماید تا دعوت خود را رسول مکرم (ص ( به آنها ابلاغ فرماید. در این مجلس حمزه و ابوطالب و ابولهب و افرادى نزدیک یا کمى بیشتر از 40 نفر حاضر شدند. امّا ابولهب که دلش از کینه و حسد پر بود با سخنان یاوه و مسخره آمیز خود، جلسه را بر هم زد. پیامبر (ص ) مصلحت دید که این دعوت فردا تکرار شود. وقتى حاضران غذا خوردند و سیر شدند، پیامبر اکرم (ص ) سخنان خود را با نام خدا و ستایش او و اقرار به یگانگى اش چنین آغاز کرد:
براستى هیچ راهنماى جمعیتى به کسان خود دروغ نمى گوید.
به خدایى که جز او خدایى نیست ، من فرستاده او به سوى شما و همه جهانیان هستم . اى خویشان من ، شما چنانکه به خواب مى روید مى میرید و چنانکه بیدار مى گردید در قیامت زنده مى شوید، شما نتیجه کردار و اعمال خود را مى بینید. براى نیکوکاران بهشت ابدى خدا و براى بدکاران دوزخ ابدى خدا آماده است . هیچکس بهتر از آنچه من براى شما آورده ام ، براى شما نیاورده ، من خیر دنیا و آخرت را براى شما آورده ام . من از جانب خدا ماءمورم شما را به جانب او بخوانم . هر یک از شما پشتیبان من باشد برادر و وصى و جانشین من نیز خواهد بود
وقتى سخنان پیامبر (ص ) پایان گرفت ، سکوت کامل بر جلسه حکمفرما شد. همه در فکر فرو رفته بودند. عاقبت حضرت على (ع ) که نوجوانى 15 ساله بود برخاست و گفت : اى پیامبر خدا من آماده پشتیبانى از شما هستم . رسول خدا (ص ( دستور داد بنشیند. باز هم کلمات خود را تا سه بار تکرار کرد و هر بار على بلند مى شد. سپس پیامبر (ص ) رو به خویشان خود کرد و گفت :
این جوان (على ) برادر و وصى و جانشین من است میان شما. به سخنان او گوش دهید و از او پیروى کنید.
وقتى جلسه تمام شد، ابولهب و برخى دیگر به ابوطالب پدر على (ع ) مى گفتند: دیدى ، محمّد دستور داد که از پسرت پیروى کنى ! دیدى او را بزرگ تو قرار داد!
این حقیقت از همان سرآغاز دعوت پیغمبر (ص ) آشکار شد که این منصب الهى : نبوت و امامت (وصایت و ولایت ) از هم جدا نیستند و نیز روشن شد که قدرت روحى و ایمان و معرفت علتى (ع ) به مقام نبوت بقدرى زیاد بوده است که در جلسه اى که همه پیران قوم حاضر بودند، بدون تردید، پشتیبانى خود را - با همه مشکلات - از پیامبر مکرم (ص ) اعلام مى کند.
وقتى پیامبر اکرم (ص ) آن همه استقبال و شادى و شادمانى را از مردم مدینه دید، اولین کارى که کرد این بود که ، طرح ساختن مسجدى را براى مسلمانان پى افکند. مسجد تنها محلى براى خواندن نماز نبود. در مسجد تمام کارهاى قضائى و اجتماعى مربوط به مسلمانان انجام مى شد.
مسجد مرکز تعلیم و تربیت و اجتماعات اسلامى از هر قبیل بود. شعرا اشعار خود را در مسجد مى خواندند. مسلمانان در کنار هم و پیامبر اکرم (ص ) در کنار آنها با عشق و علاقه به ساختن مسجد پرداختند. پیامبر اکرم (ص ) خود سنگ بر دوش مى کشید و مانند کارگر ساده اى کار مى کرد. این مسجد همان است که اکنون با عظمت برجاست و بعد از مسجدالحرام ، دومین مسجد جهان است .
پیامبر بین دو قبیله اوس و خزرج که سالها جنگ بود، صلح و آشتى برقرار کرد. بین مهاجران و مردم مدینه که مهاجران را در خانه هاى خود پذیرفته بودند یعنى انصار پیمان برادرى برقرار کرد. پیامبر، توحید اسلامى و پیوند اعتقادى و برادرى را جایگزین روابط قبیلگى کرد. با منشورى که صادر فرمود در حقیقت قانون اساسى جامعه اسلامى را در مدینه تدوین کرد و مردم مسلمان را در حقوق و حدود برابر اعلام فرمود. طوایف یهود را که در داخل و خارج مدینه بسر مى بردند امان داد.
بطور خلاصه ، پیامبر از مردمى کینه توز، بى خبر از قانون و نظام اجتماعى و گمراه ، جامعه اى متحد، برادر، بلند نظر و فداکار بوجود آورد. بتدریج از سال دوم در برابر حملات دشمنان اسلام ، اقدامات رزمى و دفاعى صورت گرفت .