تابستان سال 1364 روزهای پایانی سومین دوره ریاست جمهوری بود. این دوره در حالی رو به اتمام بود که در چهار سال گذشته پیروزی های بزرگی در عرصه جبهه و جنگ نصیب ملت ایران شده بود. به عبارتی نخستین دوره ریاست جمهوری مقام معظم رهبری برکات بسیار زیادی را به همراه داشت . ایران کاملاً در موضع قدرت بود و عملیات هایی چون طریق القدس ، فتح المبین ، بیت المقدس (آزادسازی خرمشهر)، والفجر مقدماتی تا والفجر هشت ، خیبر و بدر را پشت سر گذاشته بود و بزرگراه بصره ـ العماره ـ بغداد در تیررس رزمندگان اسلام بود. به تعبیر یک خبرنگار خارجی موقعیت به دست رهبری بلامنازع و بلامعارض امام (ره ) قفل شده بود.
دشمنان انقلاب اسلامی در موضع ضعف بودند. در چنین شرایطی ایران در آستانه برگزاری چهارمین دوره انتخابات ریاست جمهوری بود. روز جمعه 64.5.25 روز برگزاری انتخابات اعلام شد و در موعد مقرر کاندیداها به وزارت کشور مراجعه و حدود 50 نفر برای کاندیداتوری ثبت نام کردند، اما شورای نگهبان صلاحیت سه تن از کاندیداها را تأیید نمود که عبارت بودند از:
سیدعلی خامنه ای ، رهبر معظم انقلاب در حال حاضر
حبیب الله عسگراولادی مسلمان از عناصر با سابقه در مبارزه و از اعضای مؤتلفه اسلامی
سیدمحمود کاشانی (فرزند مرحوم آیت الله کاشانی )
افراد واجد شرایط رأی دادن حدود 26 میلیون اعلام شده بود.
گروه ها، جریان های سیاسی و برخی از نهادهای علمی و فرهنگی از کاندیداتوری آیت الله خامنه ای حمایت کردند و تعدادی هم از دو کاندیدای دیگر دعوت به مشارکت نمودند. در تاریخ 64.5.8 جمعی از اعضای شورای عالی قضایی ، وزیر امور خارجه و نمایندگان جمهوری اسلامی در کشورهای اروپایی به مناسبت میلاد پربرکت حضرت امام رضا(ع ) با امام خمینی (ره ) دیدار نمودند و ایشان طی سخنانی ضمن دعوت از مردم برای حضور در انتخابات خطاب به ملت ایران فرمودند:
«از مسائلی که ما در پیش داریم الان قضیه انتخابات رئیس جمهور است و من کار ندارم کی رئیس جمهور می شود، به من مربوط نیست ، من خودم یک رأی دارم به هر که دلم می خواهد، می دهم .شما هم همین طور، اما اگر بخواهید در مقابل دنیا اظهار حیات بکنید که بگویید ما بعد از گذشتن چندین سال زنده هستیم ، باید مشارکت کنید، اگر خدای نخواسته از عدم مشارکت شما یک لطمه ای بر جمهوری اسلامی وارد بشود، بدانید که آحاد ما که این خلاف را کرده باشیم ، خدای نخواسته ، مسئول هستیم ، مسئول پیش خدا هستیم . مسأله ، مسأله ریاست جمهور نیست ، مسأله ، مسأله اسلام است ، مسأله ، مسأله قواعد اسلام است ، مسأله ، مسأله حیثیت اسلام است و مسأله ای است که باید ما همه به آن اهمیت بدهیم و بیشتر از هر وقت و بیشتر از هر سال و هر دوره باید ان شالله شرکت بکنیم .»
کاندیداها برنامه آتی خود را اعلام نمودند و تبلیغات انتخاباتی کار خود را شروع کرد و در موعد مقرر تعرفه ها و صندوق ها و مراکز رأی گیری آماده شدند و مردم رأی خود را به صندوق ها ریختند و در روز سه شنبه 29 مرداد ماه نتایج قطعی اعلام شد و براساس اطلاعیه ستاد انتخاباتی وزارت کشور کل آرای ریخته شده به صندوق 14 میلیون و 442 هزار و 630 رأی بود که آرای هر یک از کاندیداها به ترتیب ذیل اعلام گردید:
سیدعلی خامنه ای با 12 میلیون و 302 هزار و 870 رأی ، یعنی حدود 58 درصد کل آرا، به عنوان نفر اول ، رئیس جمهور چهارمین دوره ریاست جمهوری تعیین شد.
سیدمحمود کاشانی با یک میلیون و 204 هزار و 614 رأی حدود 21 درصد آرا، نفر دوم انتخابات گردید.
حبیب الله عسگراولادی مسلمان با 382 هزار و 792 رأی که نفر سوم شد.
آرای باطله نیز 553 هزار و 74 رأی بود.
از ویژگی های بارز انتخابات چهارمین دوره ریاست جمهوری کاهش تعداد رأی دهندگان نسبت به دوره قبل بود که این کاهش آرا حدود دو میلیون نفر را شامل می گردید که این کاهش دو میلیون نفری نسبت به دوره سوم را می توان در قطعی دانستن انتخاب آیت الله خامنه ای برای دوره دوم دانست که سبب شرکت کمتر مردم در انتخابات شده بود.
در تاریخ 64.6.31 حضرت امام (ره ) حکم تنفیذ ریاست جمهوری را مرقوم فرمودند: «ملت متعهد با عزمی والا و قدمی ثابت از پیر نودساله تا نوجوان تازه بالغ برای چهارمین بار برای تعیین سرنوشت به سوی صندوق های رأی هجوم آورد و یاوه گویان و خیال بافان را بر خود لرزاند و فردی شریف از سلاله پیامبران را برای خدمت به اسلام و ایران و ملت برگزید و این مسئولیت سنگین را برعهده کسی گذاشت که چهار سال در این مقام ، صادقانه و با تعهد و روشن بینی به ملت و اسلام و ایران خدمت نمود...
اینک به پیروی از آرای محترم ملت عظیم الشأن و آشنایی به مقام تعهد و خدمتگزاری دانشمند محترم جناب حجت الاسلام آقای سیدعلی خامنه ای ایده الله تعالی ، آرای ملت را برای پس از پایان دوره کنونی ، تنفیذ و ایشان را به سمت ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب می نمایم و از خداوند تعالی توفیق ایشان را در خدمت به اسلام و ملت و کشور اسلامی خواستارم . البته رأی ملت و تنفیذ اینجانب تا وقتی است که ایشان به تعهد خود و راه مستقیمی که در پیش داشته اند، باقی باشند و به اسلام و احکام نورانی آن پایبند و طرفدار مظلومان و مستضعفان و محرومان و مخالف ظالمان و ستمگران و مستکبران باشند و با هیچ ظالم مستکبری راه سازش باز نکنند ـ که نمی کنند.»
با عنایت و توجهات امام راحل و تنفیذ حکم ریاست جمهوری چهارمین دوره ریاست جمهوری آغاز گردید. رئیس جمهور نظر خاصی برای تعیین نخست وزیر داشت ، لذا بحث و گفت وگو درباره اینکه چه کسی نخست وزیر باشد، به درازا کشید. برخی از نمایندگان که نسبت به نخست وزیری دوره گذشته میرحسین موسوی منتقد بودند، با نخست وزیری مجدد ایشان مخالف بودند و عده ای دیگر از میرحسین موسوی جانبداری می کردند. سرانجام پس از رایزنی های متعدد رئیس جمهور میرحسین موسوی را به عنوان نامزد احراز پست نخست وزیری به مجلس معرفی کرد و مجلس پس از بحث و گفت وگو در نهایت به او رأی داد و میرحسین کابینه گذشته خود را ترمیم کرد و از مجلس رأی اعتماد گرفت و آغاز به کار کرد. اما روزهای سال آخر دولت او با تحولات متعددی پایان یافت ؛ از جمله پایان جنگ و پذیرش فصلنامه 895، بازنگری قانون اساسی ، تشکیل نهاد مجمع تشخیص مصلحت نظام ، تدوین برنامه پنج ساله اول و رحلت جانسوز امام خمینی از جمله مسائل مهم این دوران بود.