در جریان دستگیری شهید نواب صفوی، شهیدعراقی به همراه 52 نفر دیگر در حالی که برای ملاقات وارد محوطه شده بودند، در زندان قصر متحصن گردیدند و پس از تسخیر بند، حفاظت از زندانیان را به عهده گرفتند و اعلام داشتند تا تعیین تکلیف در زندان خواهند ماند.

در این جریان شهیدعراقی با کمال دقت و هوشیاری مسئولیت تدارکات داخل زندان را به عهده گرفت و حکومت مصدق که غذا و خوراک را بر آنان قطع کرده بود سعی نمود بدین گونه فدائیان را در فشار قرار دهد. لیکن شهید عراقی با جیره بندی مواد غذایی مقاومت را زیاد نمود.

بالاخره پس از مدتی، رژیم با همکاری اعضای حزب توده که در داخل زندان بودند و به فدائیان خیانت کردند، موفق به یورش به داخل زندان گردید و آنان را مورد حملات شدید قرار دادند و پس از مضروب کردن افراد، آنان را با دستبند و پابند به بند کشیدند. در این مرحله شهید عراقی به مدت 7ماه زندانی شد و در نهایت در تاریخ 25 تیر 1331 از زندان آزاد گردید.

فعالیت فدائیان اسلام با شهادت شهید نواب صفوی به افول گرایید. شهیدعراقی در این رابطه می گوید: "بعد از جریان شهادت مرحوم نواب و آن خفقانی که توسط حکومت نظامی و بعد هم سازمان امنیت که سرتاسر شریان مملکت ما را می گیرد،هیچ سازمانی، هیچ تشکیلاتی به طور کلّی اگرچه در زیر خاکستر هم بودند، در روز (ظاهر) جلوه ای نداشتند، حرکتی نمی توانستند بکنند."

  

آشنایی با امام

بعد از رحلت حضرت آیت الله بروجردی (ره) که مردم مسلمان ایران با مسئله انتخاب مرجع تقلید مواجه شدنند و "در حالی که رژیم شاه به قصد تضعیف حوزه های علمیه در ایران به بهانه تقویت حوزه نجف، علما و مردم را در شهرهای ایران وادار کرد تا تلگرافات تسلیت را به عنوان آیت الله حکیم در نجف مخابره کنند نه مراجع قم"، شهید عراقی به اتفاق دوستان و به همراه خانواه عازم قم شدند و پس از تحقیق و تفحص، حضرت امام خمینی (ره) را اعلم یافتند و به تقلید از معظم له گردن نهادند. هرچند به نظر می رسد سابقه ارتباط شهید عراقی با امام به قبل از این دوران باز گردد ولی در هر حال در این مطلب حرفی نیست که شهید عراقی پس از مرحوم نواب صفوی، مجذوب شخصیت روحانی و انقلابی حضرت امام "ره" گردیده و گمشده خویش را در وجود آن بزرگوار یافته بود. از این پس کلیه فعالیت های سیاسی و مبارزاتی وی تحت امر و با کسب تکلیف از محضر ایشان صورت پذیرفت و با امام خویش پیمان محکم بست وهمچون پروانه ای عاشق، درگرد شمع وجود امام گردید و در نهایت این پیمان را با خون سرخ خویش به امضاء رساند.

تشکیل هیئت های موتلفه

با ظهور و حضور جدّی حضرت امام خمینی (ره) در صحنه مبارزات سیاسی و اجتماعی، باب جدیدی در مسیر فعالیت های مبارزین گشوده شد. شهید عراقی که تجربیات دوران طولانی مبارزه را به همراه داشت و دارای شم سیاسی بالایی نیز بود، فعالیت جداگانه هیئت های مذهبی را- که گاهی خنثی کننده اعمال یکدیگر بودند- به مصلحت تشخیص نداد و در صدد ایجاد اتّحاد و اتفاق در بین آنان برآمد و از طریق شهید حاج صادق امانی و حاج هاشم امانی که سابقه دوستی شان به قبل ها برمی گشت، وارد عمل شد.

شهید عراقی در خاطرات خود می گوید: "از بدو حرکت حاج آقا [حضرت امام خمینی (ره)] یعنی روحانیت، خرده خرده این سه گروه [هیئت های تشکیل دهنده مؤتلفه] هر کدام مجزّا از همدیگر با روحانیت یک تماسکی پیدا کرده بود، کار می کردند... ماها که یک مقدار سابقه به حساب مبارزاتی داشتیم و می دانستیم که اختلافات چه ضررهایی دارد... من در یکی از این شاخه ها بودم، مرحوم آقای صادق امانی و حاج هاشم امانی هم در یکی از این شاخه ها بودند... یک دعوتی شد از حاج صادق و بعضی از دوستانش؛ صحبت هایی که ما کردیم با همدیگر ضررات این جدایی را وقتی بیان کردیم برای همدیگر، جفتمان احساس کردیم که باید این جدایی از بین برود و به صورت ائتلاف در بیاید."

این گونه بود که این ائتلاف با نام جمعیت های مؤتلفه اسلامی، شروع به فعالیت کرد و برای حرکت صحیح و دوری از انحراف، با امام (ره) تماس برقرار شد تا فعالیت، تحت ولایت و رهبری معظم له صورت پذیرد و در این راستا بود که مسایل اعتقادی گروه در اختیار" آیت الله شهید بهشتی (ره) " و "آیت الله شهید مطهری (ره)" و... گذاشته شد.