سیّد پس از مدتی کسب خود را تغییر داد و در بازار جعفری به دستمال فروشی و روسری فروشی مشغول شد و در عین حال به سازماندهی افراد مذهبی مبارز در چارچوب جلسات سیّار تحت سرپرستی خود پرداخت و سخنرانان آشنا به مبانی دینی و مبارزه را به جلسات خود دعوت کرد. یکی از سخنرانان جلسات سیّار شهید لاجوردی در سال 1348 در گزارش ساواک جناب حجة الاسلام و المسلمین آقای هاشمی رفسنجانی معرفی شده است.

او در کنار برگزاری جلسات مذهبی به فعالیتهای پنهانی ادامه داد، تا اینکه در جریان ورود سرمایه گذاران امریکایی اعلامیه ای با عنوان "گامی فراتر در تشدید غارتگری" تهیه و تکثیر شد و برای توزیع در اختیار اعضا قرار گرفت و در روز فینال مسابقات جام باشگاههای آسیا با تهیه شیشه ای آتش زا و سازماندهی اعضاء به شرکت هواپیمائی ال عال (متعلق به اسرائیل) حمله شد.

ساواک که در دانشکده اقتصاد و در کنار یکی از اعضای گروه، مامور نفوذی داشت به دنبال گزارش او، نسبت به دستگیری اعضای گروه اقدام کرد. در ادامه این دستگیری ها سیّد نیز مورد شناسایی قرار گرفت و در اردیبهشت ماه سال 49 برای دومین بار دستگیر شد. در این دوران بود که "

در این مرحله دستگیری به عنوان رهبر گروه لشکری "ال عال" و گردانندگی گروه های مخالف دیگر متهم شد و به 4 سال حبس مجرد محکوم گردید.

شدت شکنجه ها و اثرات آن به حدّی بود که دست از زندگی شست و وصیتنامه خویش را تنظیم کرد. البته سید از روزی که پا در میدان مبارزه نهاده بود دست از زندگی شسته بود. او در وصیتنامه خود اسرائیل را اعدا عدو معرفی کرد و به پرداخت از ثلث مال برای کمک به مبارزین فلسطین تأکید کرد.

حضور سید اسدالله که چون شیری شرزه می غرید برای زندانبانان بازداشتگاه شماره 3 قصر غیر قابل تحمل شد. روشنگری های او زندانیان دیگر را تحت تاثیر قرار داده و باعث شده بود تا حرکت های ضد رژیم در زندان شکل بگیرد و به همین دلیل به دنبال تقاضای انتقال وی به زندانی دیگر او به زندان شهربانی مشهد منتقل گردید. در این دوران تمامی خانواده سیّد مورد کنترل ساواک قرار گرفتند. تمامی مکاتبات آنها کنترل می شد و حتی نوجوانان اقوام نیز از این مسئله در امان نماندند. ملاقات ها با سختی صورت می گرفت. دل خداجوی سید نگران فرزندان خردسال خود بود و آتیه آنان در محیط فاسد ستم شاهی دغدغه شب و روزش.

در ملاقاتی که همسر فداکارش در روز سیزدهم شهریور سال 1352 در مشهد با سید دارد از او می پرسد: "پاهایت چطور است؟" و سید در پاسخ می گوید: "این یادگار اوین است و تمام پایم اثراتی دارد".

در پاسخ این سؤال پرسشنامه که "چه نوع بیماری دارید؟" ، می نویسد:

"تمام بیماری هایی که در زندان عارضم شده : نقص چشم چپ و از دست رفتن دید آن، درد شدید کمر، ناراحتی معده، ناراحتی قلبی، و در بدو ورود به زندان مشهد به آنفلوآنزا مبتلا شدم و یک ماه از سینه ام شدیداً چرک می آمد"

و در نهایت نوشته است:

مصائب و شداید ناشی از امراض مختلف، برای مدت مدیدی قدرت تحرک را از وی گرفت و او که علاقه مفرط به اسلام و قرآن داشت و از سالها قبل در هیئت، تفسیر قرآن می گفت و در زندان نزد آیت الله انواری مدتی فقه و اصول نیز خوانده بود از فرصت گوشه نشینی در زندان استفاده کرد و به تفسیر قرآن پرداخت. مزدوران ساواک مطالب آن را مضره تشخیص دادند و در پرونده وی بایگانی کردند.

بالاخره سید در سی ام فروردین ماه سال 1353 سومین دوران حصر خویش را سپری کرد و به خانه بازگشت. سید اسدالله در آن روزگار صاحب 4 فرزند بود؛ سه پسر و یک دختر که بزرگترین آنها 12 سال و کوچکترین شان 4 سال (به مدت محکومیت سوم پدر) داشت و همگی در انتظار دیدار پدر دیده به در دوخته بودند و در کانون گرم خانواده، این مادر بود که با محبت های مضاعف خویش جای خالی پدر را پر می کرد.

با آزادی سید، انتظار کودکان معصوم به سر آمد و پدر که زائر زندانی ثامن الحجج (ع) بود پای در خانه نهاد و اشک شوق بر دیدگان منتظر جاری گردید.