در راه خروجى مدینه به سمت مکه، در فاصله هشت کیلومترى مسجد النبى در جنوب مدینه؛ سه کیلومتر پس از مسجد قبا، منطقه ذوالحلیفه است که مسجد شجره یا میقات یا ذوالحلیفه در آنجا قرار دارد.
مسجد شجره در محلى واقع شده که رسول خدا(ص) در وقت رفتن به مکه، در زیر درخت سمره نماز خوانده و به همین مناسبت، آن را مسجد شجره مى نامند. افزون بر آن، رسول خدا(ص) در جریان سفر سال ششم هجرت که منتهى به امضاى معاهده حدیبیه شد، در همین جا مُحْرم گردید. در سال هفتم جهت عمرة القضاء و همچنین در سال دهم هجرى براى انجام حَجّة الوداع در آنجا مُحرم شدند. طبیعى است اهمیت این مکان از لحاظ دینى مسلّم بوده و به دلیل استفاده دائم مردم از آن، همواره مورد توجه بوده است.
در قرون گذشته این منطقه به نام «بئر على» یا «آبار على» خوانده مى شد. بنا به روایتى از حضرت صادق(ع)، این ناحیه به اقطاع، به امام على(ع) واگذار گردید. به همین جهت، چاه هاى آن نیز که متعلق به آن حضرت بود، به نام آبار على شناخته شده است.
مسجد شجره در قرن هشتم دچار خرابى شد، اما همچنان مورد استفاده بود. گویا در بناى اولیه، شبستان و صحن داشته، اما در قرون هشتم و نهم تنها دیوارى گرد آن بوده است. این مسجد در دوره عثمانى در سال 1058 قمرى، به دست یکى از هندیان مسلمان بازسازى گردید و مناره اى براى آن ساختند.
آخرین بازسازى مسجد در روزگار فهد صورت گرفت، منطقه بسیار وسیعى به مسجد و امکانات جانبى مانند پارکینگ اختصاص یافته است، به طورى که جمعاً مساحت آن نود هزار متر مربع مى شود. مساحت خود مسجد حدود 26000 متر مربع است. مسجد شجره، یکى از زیباترین معمارى ها را در میان مساجد بازسازى شده مدینه منوره دارد.
