یکی از فرقه ها که در آن زمان نقش خطرناکی را در تاریخ عقلی و اجتماعی آن زمان بازی کرد فرقه معتزله بود که آثار عجیبی در زندگی عقلی اسلامی به جا گذاشت. اما زندگی سیاسی در زمان امام(ع) بسیار سخت بود و فتنه و اضطراب بر مردم غالب بود، حوادث مخوف که نتیجه اش فقدان امنیت و انتشار ترس و وحشت بود در همه جا حکمفرما بود و قلوب مردم پر از وحشت بود.
در زمان امام باقر(ع) احزاب زیادی تشکیل شده بود، در این زمان بود که امویان سیاست ظلم و جور را بر علیه مسلمین ادامه دادند و آنها مردم را شکنجه می دادند و از حقوق مادی و معنوی محروم می کردند. از این رو مسلمین بر علیه دولت اموی شورش های سختی نمودند تا آن را ساقط کنند.
حضرت امام محمد باقر ( ع ) 19 سال و ده ماه پس از شهادت پدر بزرگوارش حضرت امام زین العابدین ( ع ) زندگى كرد و در تمام این مدت به انجام دادن وظایف خطیر امامت، نشر و تبلیغ فرهنگ اسلامى، تعلیم شاگردان، رهبرى اصحاب و مردم، اجرا كردن سنتهاى جد بزرگوارش در میان خلق، متوجه كردن دستگاه غاصب حكومت به خط صحیح رهبرى و راه نمودن به مردم در جهت شناخت رهبر واقعى و امام معصوم كه تنها خلیفه راستین خدا و رسول ( ص ) در زمین است، پرداخت و لحظهاى از این وظیفه غفلت نفرمود.
امام محمد باقر (ع) سرانجام در هفتم ذیحجه سال 114 هجرى در سن 57 سالگى در مدینه به وسیله هشام مسموم شد و چشم از جهان فروبست. پیكر مقدسش را در قبرستان بقیع - كنار پدر بزرگوارش - به خاك سپردند.
فرزندان آن حضرت را هفت نفر نوشته اند : ابوعبدالله جعفر بن محمد الصادق (ع) و عبدالله كه مادرشان ام فروه دختر قاسم بن محمد بن ابى بكر بود. ابراهیم و عبیدالله كه از ام حكیم بودند و هر دو در زمان حیات پدر بزرگوارشان وفات كردند. على و زینب و ام سلمه كه از ام ولد بودند.