مهمترین منبعْ خود قرآن كریم است كه مبیِّن، شاهد و مفسِّر خویش است. ضرورت تفسیر قرآن به قرآن و تأثیر عمیق آن در دستیابی به معارف قرآنی مُبَرْهَن است و فصلی از این پیشگفتار را به خود اختصاص داده است.
منبع دیگر علم تفسیر، سنّت معصومین (علیهم‌السلام) است كه طبق حدیث متواتر ثقلیْن، عترت طاهرین (علیهم‌السلام) همتای قرآن بوده، تمسّك به یكی از آن دو بدون دیگری مساوی با ترك هر دو است و اعتصام به هر كدام باید همراه با تمسك به دیگری باشد.ضرورت جمع بین قرآن و حدیث در تفسیر قرآن كریم در فصول بعد تبیین خواهد شد.
منبع سوم، عقل برهانی است كه از گزند مغالطه وَهْم و از آسیبِ تخیّل مصون باشد. مراد از عقل برهانی همان است كه با علوم متعارفه خویش، اصل وجود خدا و ضرورتِ وحدت، حیات، ابدیّت، ازلیّت، قدرت، علم، اراده، سمع، بصر، حكمت، عدل و سایر صفات علیای او را ثابت كرده و در این تثبیت، استوار است؛ گرچه برخی از اسمای مزبور را دلیل نقلی، هم اثبات می‌كند.
پس اگر عقل برهانی مطلبی را اثبات یا نفی كرد، حتماً در تفسیر قرآن باید آن مطلب ثابت شده، مصون بماند و با ظاهر هیچ آیه‌ای نفی نگردد و مطلبِ نفی شده، منتفی باشد و با ظاهر هیچ آیه‌ای ثابت نشود؛ چنانكه اگر آیه‌ای دارای چند احتمال بود و جز یك مُحْتَملِ معیّن همه آنها عقلا منتفی بود، باید به كمك عقل برهانی آیه مورد بحث را فقط بر همان مُحْتَمل حمل كرد و یا اگر آیه‌ای دارای چند مُحْتَمل بود كه یكی از آنها برابر عقل برهانی، ممتنع بود، حتماً باید آن مُحْتَملِ ممتنع را نفی كرد و آیه را بر یكی از مُحْتَملهای ممكنْ بدون ترجیح (در صورت فقدان رجحان) حمل كرد.
